Сначала следует выполнить git clean -n, это покажет файлы, подлежащие удалению.
Затем выполнить само удаление файлов командой git clean -f.
Чтобы удалять директории - glt clean -fd

Чтобы удалять файлы, которые лежат в .gitignore - git clean -fX