Дескриптор удаленного файла остался открыт каким-то приложением, которое тем самым не позволяет освободить место на файловой системе.
Выход из ситуации — при помощи команды lsof посмотреть список открытых файлов. Удаленные но все еще открытые файлы будут помечены как deleted, но так же вы увидите pid процесса который держит открытый дескриптор. Перезапустите этот процесс ( если это сервис) или просто убейте и место освободится.