Сделать это можно так: git stash clear
git stash clear
Ну и на всякий случай: Удалить один последний сохранённый git stash: git stash drop
git stash drop
Очистить определённый stash по его номеру: git stash drop stash@{N} (где N - это номер stash)
git stash drop stash@{N}