Как добавить в stash только один из измененных файлов?

Комманда:
git stash –keep-index

Добавит в stash только те файлы которые не были добавлены в индекс.

Поэтому, сначала надо добавить в индекс (git add) которые не требуется добавлять в stash, затем добавить в stash оставшиеся.